يعيّن رئيس الدائرة المختصة بزجر أخطاء التصرف قاضيا مقررا للتحقيق في القضية ويتولى إعلام المدعى عليه عن طريق رسالة مضمونة الوصول مع الإعلام بالبلوغ بأنه محل تتبع أمام محكمة المحاسبات ويحقّ له الاستعانة بمحام.
التحقيق سري وللقاضي المقرر القيام بجميع الأبحاث والتحقيقات لدى كل الجهات العمومية أو الخاصة ذات العلاقة بالقضية وأن يطلب من كل شخص مادي أو معنوي مدّه بجميع الوثائق اللازمة للتحقيقات. وله أن يستمع للشهود بعد استدعائهم وتأديتهم لليمين وفقا للصيغ والشروط المنصوص عليها بمجلة الإجراءات الجزائية.
ويمكن للقاضي المقرر أن يتولى وفق الصيغ القانونية جميع الأبحاث والتحقيقات على عين المكان. كما يمكن له تحت إمضاء الرئيس الأول للمحكمة طلب رأي الجهات المختصة.
ويمكن للنيابة العمومية بناء على طلب من القاضي المقرر أن تطلب من المحاكم العدلية نسخا من وثائق تتعلق بدعوى قضائية أخرى لها صلة بالوقائع موضوع التحقيق باستثناء القضايا الجارية.
تشفع جلسات استماع المدّعى عليه والشهود بمحاضر يتم تحريرها من قبل كاتب المحكمة وإمضاؤها من قبل القاضي المقرر والشخص المعني ومحاميه في صورة حضوره.
وفي صورة إنابة محام، يتولّى هذا الأخير تقديم ملاحظاته الكتابية صحبة ما لديه من مؤيدات إلى القاضي المقرر تضمّن وجوبا بمحاضر الاستماعات.
وإذا امتنع المدعى عليهم أو الشهود أثناء إجراءات التحقيق عن الاستجابة لطلبات القاضي المقرر يحرر هذا الأخير تقريرا في ذلك. وفي هذه الحالة يمكن لمحكمة المحاسبات أن تعاقب الطرف المخل بخطيّة من مائتي دينار إلى ألفي دينار دون أن يحول ذلك من تتبعهم أمام المحاكم المختصّة.
عند استكمال أعمال التحقيق يتولى القاضي المقرر بالنسبة إلى كل قضية تحرير تقرير في ختم التحقيق.
يوجّه تقرير ختم التحقيق مصحوبا بنسخ من جميع مستندات الملف مرقّمة إلى النيابة العمومية التي تتولى في أجل ثلاثين يوما إحالته على الدائرة المختصة بزجر أخطاء التصرف مشفوعا بملحوظات كتابية معلّلة.
يعلم رئيس الدائرة المختصة بزجر أخطاء التصرف المدّعى عليه عن طريق رسالة مضمونة الوصول مع الإعلام بالبلوغ بأنه يمكن له في أجل ثلاثين يوما الإطلاع على عين المكان لدى كتابة المحكمة سواء بنفسه أو بواسطة محام على ملف القضية بما في ذلك ملحوظات النيابة العمومية. كما يمكن له الحصول على نسخ من مستندات الملف بناء على طلب كتابي يوجه إلى الدائرة المختصة.
تسجّل كتابة الدائرة تاريخ الاطلاع على ملف القضية الذي يجب أن يكون كاملا ومتضمّنا لجميع الوثائق المرقّمة.
وللمدعى عليه أجل ثلاثين يوما من تاريخ الإطّلاع على الملف أو الحصول على نسخ من المستندات لتقديم مذكرة كتابية للدفاع وطلب إدراج شهود من اختياره وذلك بنفسه أو بواسطة محام.
لا يمكن لأي عضو بالمحكمة أن يتداول في القضية إذا كان تحت طائلة مانع من الموانع المنصوص عليها بالفصل 248 من مجلة المرافعات المدنية والتجارية والتشريع المتعلق بالتصريح بالمكاسب وتضارب المصالح. ويمكن لكل جهة معنية أن تجرّح في أي عضو من أعضاء الهيئة الحكمية وذلك عن طريق طلب كتابي يوجّه إلى الرئيس الأول للمحكمة الذي يبت نهائيا في الموضوع في أجل أقصاه خمسة أيام بعد سماع الطرفين. كما يمكن وفق نفس الشروط لأي عضو من أعضاء الهيئة الحكمية التجريح في نفسه.